Narra la historia prehispánica de la región de los Altos de Chiapas. Inaugurado en 1993, comparte el espacio con la biblioteca de un edificio construido en 1944, cuyo pórtico es una versión provinciana del art déco. En el interior predomina un patio de corredores, al que acompaña un busto del músico Esteban Alfonso García. En dos salas permanentes y una para exposiciones temporales, el museo narra la historia prehispánica de la región de los Altos de Chiapas hasta la llegada de los españoles. Los temas que cubre son: los grupos cazadores-recolectores; el inicio del sedentarismo, la cerámica y las primeras sociedades estratificadas; el apogeo de la cultura maya y la consolidación de las grandes rutas de comercio controladas por ciudades-Estado, entre las que destacaron Chinkultic y Tenam Puente; el desarrollo de los grandes centros de la región durante el Posclásico (900-1520), y los materiales encontrados en las excavaciones en Tenam Puente durante la década de los noventa del siglo XX. Se exhiben sobre todo piezas de cerámica, piedra, hueso, alabastro y concha.